Trần Tự Khánh sai bộ tướng Vương Lê đem thủy quân đi đón Huệ Tông sang Cứu Liên.

Khi đó trong triều, Đàm Thái hậu ngày ngày muốn giết Trần Nhị Nương, sai người cầm chén thuốc độc bắt phu nhân phải chết. Huệ Tông ngăn lại không cho, rồi đêm ấy cùng với phu nhân lẻn đi đến chỗ quân của Tự Khánh; gặp khi trời đã sáng, phải nghỉ lại ở nhà tướng quân Lê Mịch ở huyện Yên Duyên, gặp tướng của Tự Khánh là Vương Lê đem binh thuyền đến đón. Vua mới đỗ lại ở bãi Cứu Liên và truyền cho Tự Khánh đến chầu.

Tự Khánh đón được Huệ Tông, bèn phế Nguyên vương mà mình từng đưa lên ngôi xuống làm Huệ Văn vương[7].

Tháng 12 năm 1216, Thuận Trinh phu nhân Trần thị được phong làm Hoàng hậu. Từ lúc đó, anh em, thân thuộc họ Trần chiếm hết các chức văn võ quan trọng trong triều: Tự Khánh làm Thái úy, khi xướng lễ không phải gọi tên; anh trai ông Trần Thừa được phong tước Liệt hầu làm nội thị phán thủ; Trần Liễu (con cả Trần Thừa), Phùng Tá Chu, Phạm Kính Ân và Lại Linh được tước Quan nội hầu; con cả Tự Khánh là Trần Hải được phong tước Hiển Đạo vương. Nắm quyền lớn trong tay, Trần Tự Khánh quyết ý đánh dẹp Bắc Giang vương Nguyễn Nộn, Hiền Tín vương Lý Bát, Hồng hầu Đoàn Văn Lôi, Hà Cao ở Quy Hóa.